1、Linux和Windows在使用上的差别：Linux不容易上手，命令多不说，而且还有点麻烦。对外部设备，经常都是现用现加载。而且在使用完了以后还要卸载。这对于一般的普通用户来说，是一件很麻烦也很不情愿见到的事情。而对于Windows，就不用我多说了。其次，在使用上，Linux多数时候是使用文字界面，靠键盘输入命令来进行操作。虽然Linux也有IDE界面，可其在使用和外观上没有Windows做得精细、美观和便捷。而Windows则是使用鼠标，利用图形界面来完成大部分的操作。这对于大多数用户来说，是很关键的。

2、软件对系统支持上的差别：对于Linux来说，其外部支持的软件不是很多。虽然现在一些大软件公司，在推出自己的软件时，经常会同时推出L和Windows版本。但却很多的公司却因为软件开发成本、市场销售等原因，往往只推出Windows版本。因此，现在市面上公开销售的L版本的软件寥寥无几。而Windows版本的则是漫天乱飞。特别对于游戏软件来说，支持Linux的真是如凤毛麟角般难找。

3、系统安全级别的差别：Linux的安全级别比起XP以前的系统都高。当然，和高级Windows服务器是不能比的。但L的安全级别和NT在一个级别上。有的时候在某些地方甚至要比NT的高。现在在很多的网络服务器或是数据服务器上，Linux使用得很多。当然，事物都没有完美的。Linux的高安全性也带来了Linux在使用上的复杂性。

4.使用习惯上的差别：两种操作系统一样的地方就是桌面、图标、鼠标点击等。不一样的是，Windows放弃了dos的字符模式，主攻图形界面，让桌面系统更易用。Linux字符模式运行的更好，图形界面还只是附带品，可有可无。根据他们的上市时间来看，只能说Linux把Windows扔掉的东西又捡回来并且发扬光大。

还有最大的一个区别：
Linux可以进行内核级的优化，windows最多只能改改注册表，还必须是微软流传出来的参数。