connect_timeout:链接超时,用户登录验证用户身份的时候有效,如果网络不佳,该参数可以稍微设置大一点，一方面可以延长身份验证时间,增加用户登录成功的概率,另一方面可以防止连接数剧增超过最大限制。默认情况下该值为10s。对于该值的设置宁可大，不要太小。

innodb_lock_wait_timeout:锁等待超时,默认值为50s,该值默认即可,如果由于大量的锁等待超时，可能检查下sql语句或是索引.

interactive_timeout/wait_timeout：交互式和非交互式链接的超时设置,防止客户端长时间链接数据库,什么都不做处于sleep状态，强制关闭长时间的sleep链接。默认情况先两值的都为28800(8h)，一般情况下将两值都设置为1000s就行了

net_read_timeout / net_write_timeout：客户端写入数据/数据接收超时设置,默认就行。

delayed_insert_timeout：这是为MyISAM INSERT DELAY设计的超时参数，在INSERT DELAY中止前等待INSERT语句的时间。

innodb_flush_log_at_timeout：事务日志刷新间隔,默认为1s,5.6新增！。参考如下：http://www.xuchanggang.cn/archives/567.html

slave_net_timeout：这是Slave判断主机是否挂掉的超时设置，在设定时间内依然没有获取到Master的回应就认为Master挂掉了

rpl_stop_slave_timeout:控制stop slave 的执行时间，在重放一个大的事务的时候,突然执行stop slave ,

命令 stop slave会执行很久,这个时候可能产生死锁或阻塞,严重影响性能，mysql 5.6可以通过rpl_stop_slave_timeout

参数控制stop slave 的执行时间,

总结：以上参数中，个人觉得比较重要的有

connect_timeout:身份认证超时

innodb_lock_wait_timeout：所等待超时

interactive_timeout\wait_timeout:空闲链接超时